在提高产量的同时，束怀瑞又在思考如何提高果品的品质。1994年他主持“20万亩高档苹果生产技术研究”，推广疏果、套袋、诊断施肥等技术，并提出以营养均衡为前提，合理补用化肥的原则。通过这项研究，高档果的比例由3%增加到10%，每公斤苹果增值3元。
2001年束怀瑞当选中国工程院院士之后，他仍然坚持每年抽出大量时间到生产第一线指导生产，调查研究。
蓬莱果农曲寿彭的苹果园连续多年亩产达10000公斤，没有大小年现象。束怀瑞带领科研人员对他的经验进行了认真分析，从冗余消耗、优质叶发生、土壤微生物系统等方面进行了深入研究，取得了多项重要成果，并探索了果园土三层节水养根技术，该项技术可节水70%，节肥三分之一，并使亩产稳定在5000公斤以上。
由于束怀瑞为我国果树产业发展作出了突出贡献，他先后荣获全国农业科技先进工作者，全国“五一”劳动奖章、中华农业科技奖等荣誉称号，2009年荣获何梁何利基金奖。但束怀瑞始终保持一颗普通人的心，他严于律已，要求别人做到的，自己首先做到。到下面指导生产，从不提条件、摆架子。
多年深入生产实践，束怀瑞养成了肯干务实作风，也培养了与农民的深厚感情。他常说，从事农业科研，必须关注农业、关心农民，对农民负责。研究技术、推广成果，首先要考虑农民能否接受。我们的成果只有简单实用让农民接受，才能更好地发挥作用。
从果园的生态系统整体出发，以农业防治为基础，积极保护利用自然天敌，恶化病虫的生存条件，提高果树抗病虫能力，在必要时合理地使用化学农药，将病虫危害损失降到最低限度。
它是持续控制病虫灾害，保障果品生产安全的重要手段，是通过推广应用生态调控、生物防治、物理防治、科学用药等绿色防控技术，以达到保护生物多样性，降低病虫害暴发几率的目的。同时它也是促进标准化生产，提升果品质量安全水平的必然要求。是降低农药使用风险，保护生态环境的有效途径。
健康的土壤，是果树绿色防控的基础。
培肥地力始终放在果业工作的首位，千方百计增加有机质，增强优质果品生产的动力源泉。日本果园的有机质含量一般在3~4%以上，最高达10%以上。我国多数果园有机质含量不足0.3%，山地果园不到0.1% 。
果园生物覆盖
果园生草覆盖
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果树通风透光，优良的生态环境是果树绿色防控的关键。
采用具有良好通风透光条件的树形栽培模式，如开心形（大冠树）和细长纺锤形（矮密树），能大大降低病虫害的发生率，降低防控的难度。
大冠开心形（日本）
细长纺锤形（欧洲）
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合理的果树负载，是果树绿色防控的保证。
果农的选择——产量与效益
转变的方向——控制产量，提高品质，增加效益
（二）清洁果园及果树
及时清除果园内枯枝、落叶、僵果、落果、杂草等，并集中烧毁，可大大减少褐斑病、轮纹病、白粉病、叶螨、刺蛾、金纹细蛾等病虫害的越冬基数。
刮除果树老皮、粗皮、翘皮、病斑，剪除病枝、虫枝、虫果以及尚未脱落的僵果，并将清理下的树皮、树枝集中烧毁，消灭潜藏在其中的病虫害，如梨茎蜂、梨瘤蛾等害虫用人工剪除的办法，大范围连续进行2~3年，不用打药，基本可以控制。
在树干和主枝上刷涂白剂，既可杀灭越冬病虫，又能预防牲畜、鼠类、野兔啃食树干，还可以减少冬春昼夜温差，增强树体抗冻能力。
消灭树盘中的病虫。许多害虫在寒冷季节有钻入地下冬眠的特性，入土深度大多在树盘内10~15厘米的表层土，所以，冬前、早春结合施肥，深翻树盘30~40厘米，将土壤中越冬的害虫暴露于地面冻死或被鸟禽啄食。
用塑料膜覆盖树盘，可有效阻止食心虫、金龟子和部分鳞翅目害虫出土，致其死亡，并且有利于保温保湿。
用肥料巧治病虫
（1）用尿素、洗衣粉、水配制成的混合液，喷洒果树，既可起到叶面追肥的效果，又可有效防治红蜘蛛、蚜虫等害虫，配制比例为：尿素：洗衣粉：水=3：1：500。
（2）用草木灰加5倍水，浸泡24小时后，取其过滤液，对果树进行喷雾，不仅可增补钾肥、磷肥，提高树势，还可杀灭蚜虫。
